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卫生局和卫健委没有太大的关系。卫生局是地方各级医院的主管部门，主要职能是贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章。卫健委一般是指国家卫生健康委员会，主要职责是组织拟订国民健康政策，拟订卫生健康事业发展法律法规、政策等。
卫生局下设办公室、医政科、健教所、爱卫会等职能部门，分管食品卫生、执业医师法的实施、医疗事故的处理等工作。
国家卫生健康委员会是国务院组成部门，内设办公厅、人事司、规划发展与信息化司、财务司、体制改革司、疾病预防控制局、医政医管局、基层卫生健康司等机构。
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