开始游戏，首先是一段主人公冈伦谈论蝴蝶效应的旁白。
正式进入剧情，主角冈伦(中二病)带真由理(冈伦的青梅竹马妹子)来参加中钵博士的时间机器发表会。
两人在发表会开始前，听到了8楼楼顶传来的巨响，冈伦跑上去偷看下楼顶的情况。
冈伦来到楼顶上看到了一台大型的机器放置在阳台边。此外发现有两名穿着严实的人在楼顶，其中一名朝冈伦挥手。
冈伦没有响应他们的招呼，回到了7楼，帮真由理买了个扭蛋，打开后是个合金乌帕，真由理拿到后很开心。
随即两人继续回到教室听博士的发表会，然而冈伦在听发表会时指责博士的发表会有抄袭约翰堤托(网上的神秘人，自称是来自未来的时间旅行者)的成分。
随即冈伦被博士让牧濑红莉栖(天才少女，顶级科学家)带了出去。
带出去后，两人聊了一会，牧濑说冈伦15分钟前找他有什么事，冈伦表示并不清楚牧濑在说什么。
随即借着机会逃离了与牧濑的尴尬聊天。
就在逃离牧濑后，冈伦的手机收到了一封带视频的邮件，视频全程都是雪花看不到。
随后冈伦与真由理会合，当两人在讨论如何将合金乌帕卖钱时听到楼上一声惨叫。
冈伦上来到一个小房间，见到了倒在血泊中死去的牧濑。
冈伦发现死去的牧濑后，害怕的带上真由理一起离开了这栋楼。
随后冈伦在大街上过马路时发短信给桶子说牧濑死亡的消息，发送时出现了世界线变动。
冈伦世界线变动后感觉莫名其妙，发现街上刚才的人都消失了。
随后冈伦回到刚才那栋建筑，发现这栋楼上的机器是砸到建筑顶上的。
开始游戏，首先是一段主人公冈伦谈论蝴蝶效应的旁白。
正式进入剧情，主角冈伦(中二病)带真由理(冈伦的青梅竹马妹子)来参加中钵博士的时间机器发表会。
两人在发表会开始前，听到了8楼楼顶传来的巨响，冈伦跑上去偷看下楼顶的情况。
冈伦来到楼顶上看到了一台大型的机器放置在阳台边。此外发现有两名穿着严实的人在楼顶，其中一名朝冈伦挥手。
冈伦没有响应他们的招呼，回到了7楼，帮真由理买了个扭蛋，打开后是个合金乌帕，真由理拿到后很开心。
随即两人继续回到教室听博士的发表会，然而冈伦在听发表会时指责博士的发表会有抄袭约翰堤托(网上的神秘人，自称是来自未来的时间旅行者)的成分。
随即冈伦被博士让牧濑红莉栖(天才少女，顶级科学家)带了出去。
带出去后，两人聊了一会，牧濑说冈伦15分钟前找他有什么事，冈伦表示并不清楚牧濑在说什么。
随即借着机会逃离了与牧濑的尴尬聊天。
就在逃离牧濑后，冈伦的手机收到了一封带视频的邮件，视频全程都是雪花看不到。
随后冈伦与真由理会合，当两人在讨论如何将合金乌帕卖钱时听到楼上一声惨叫。
冈伦上来到一个小房间，见到了倒在血泊中死去的牧濑。
冈伦发现死去的牧濑后，害怕的带上真由理一起离开了这栋楼。
随后冈伦在大街上过马路时发短信给桶子说牧濑死亡的消息，发送时出现了世界线变动。
冈伦世界线变动后感觉莫名其妙，发现街上刚才的人都消失了。
随后冈伦回到刚才那栋建筑，发现这栋楼上的机器是砸到建筑顶上的。
第一章：时间跳跃的偏执狂
正在困惑的冈伦又在街上重新遇到了真由理，两人一同来到桶子的开发室(桥田胖子，沉迷电脑的宅男)。
冈伦跟桶子描述了发生的事情，桶子给冈伦介绍了他开发出来的失败品电话微波炉。
这个微波炉绑定了冈伦的手机，可以利用手机操作来达成定时的效果。
冈伦叫真由理拿些香蕉放进微波炉试下。
随后冈伦与桶子先出门前往大阪大厦参加ATF研讨会，冈伦和桶子在东京电机大学的ATF设有学分需要参加会议，因此暂不理会微波炉的事情。
路上收到真由理的信息，这里需要回复Upa乌帕。
两人在乘坐电梯时还看到了关于屋顶上的人造卫星坠落的消息，随后又在电梯上遇到了牧濑。
冈伦被吓到了，仔细检查下是否是真的牧濑，被牧濑推开了。
这次的会议由牧濑主讲，主题是时间机器，牧濑认为时间机器理论不存在，冈伦在与其辩论过程中被击败。
冈伦在从神社漆原琉华子处回来后遇到了打工战士阿万音铃羽(来自未来的战士)，阿万音在布朗修理店打工。
回到家后收到了来自真由理的消息，这里选择kakeru-kun回复。
到29号半夜，冈伦在网上查找关于约翰堤托的消息，发现竟然找不到当初造成一时轰动的约翰堤托的消息。
网上的约翰堤托也说没有去过2000年。
接下来收到了硫华子的消息，这里选择不回复。
第二天，冈伦在街上见到桐生萌郁，叫住她并让她删除自己的照片。
桐生萌郁正在找一台古董电脑，两人互留了联系方式。
随后冈伦约桶子到女仆咖啡店与胖子谈谈关于古董电脑的事，在咖啡店遇到了打工的真由理和菲利斯。
随后会收到菲利斯的邮件，这里选择赤色南十字星回复。
随后两人回到实验室进行香蕉实验，发现放进微波炉的香蕉不见了，同时桌上的其中一根香蕉胶化了。
随后，牧濑不知道怎么回事就来到了实验室，随即三人一起参与了关于手机微波炉的实验。
在实验中，真由理由于不知情在微波炉实验时打开了微波炉导致爆炸，所幸人没受伤。同时微波炉将实验室的桌面都摧毁了。
来到7月30号正午，在电话微波炉爆炸后，牧濑因为不相信时间机器的存在，因此离开了这个实验室。
冈伦收到真由理的短信，这里选择不回复。
随后冈伦受到桶子的SERN组织真实存在的情况，结合约翰堤托的言论，随即要求桶子黑入SERN组织查看情况。
在散步时会遇到阿万音，同时收到来自菲利斯的邮件，这里选择2000回复。
接着又会收到琉华子的短信，这里选择family进行回复。
回到实验室，与真由理吃了餐饭，随后桶子成功入侵了SERN，发现迷你黑洞的已经成功生成
随后在实验结果中显示错误，需要参照另一份啫喱人报告。
桶子因为无法读取啫喱人报告抓狂，冈伦随即向约翰堤托求助。
在冈伦拿衣服下去楼下洗衣店时喷到了阿万音，阿万音自称自己是打工战士。
随后约翰发信息回复冈伦说要解读啫喱人报告需要IBN5100，也就是那台古董电脑。
在冈伦准备独自一人想办法找古董电脑时遇到了牧濑，就将其拉到了洗衣店，两人就时间机器的问题发生争执。
牧濑说不想重复自己父亲的失败，不想再参与关于时间机器的事情。
随后会收到来自琉华子的信息，这里选择My sister回复。
冈伦收到真由理的消息说菲利斯见过IBN 5100的消息。
冈伦约见菲利斯并聊了下，得知菲利斯见过的IBN5100最后出现在秋叶原神社。
随后在去的路上再次遇见了牧濑，牧濑询问过同事IBN5100确实能解析特殊程序，两人就一起去找IBN5100。
两人找到琉华子，得知电脑就在他父亲那，是之前一位年轻人带过来并要求保管的。
牧濑和冈伦两人将拿到的电脑搬回实验室，楼下遇到了阿万音，阿万音第一次见牧濑就仿佛遇见敌人般做好战斗姿势。
随后布朗叫走了阿万音。
回到实验室后，又会收到一条消息。是来自琉华子的关于姐姐的事，这里选择不回复。
三人重新投入到研究，桶子有了电脑后成功未加密了SERN的啫喱人报告。
发现SERN40年一直研究时间机器，企图破坏历史建造所谓的理想乡，随后三人发现失败的人体实验导致送往过去的人都变成了胶化人。
随后冈伦意识到自己已经早就制造出了时间机器，改变世界命运的任务就由自己来做了。
在实验室时会收到菲利斯的信息，这里选择PHANTASM回复。
随后又会收到来自阿万音的信息，这里选择不回复。
四人(包括真由理)进行了会议，讨论要超越SERN必须尽快完善电话微波炉的功能，随即进行了探索实践穿越的实验。
冈伦等人获得了关于时间点概念的实验成果。
随后冈伦出去买东西，碰见了阿万音，同时收到了来自琉华子的消息。
这里选择Gero Froggies呕吐蛙回复。
在去买东西路上见到了桐生萌郁，随后回到了实验室，牧濑已经取得了研究成果：微波炉计时器一秒相当于现实的一小时。
随后桐生萌郁前来实验室拜访，因为桶子不小心说漏嘴关于实验的事情，冈伦只好将桐生萌郁也一同加入他们Labman实验团队中。
冈伦召开会议，谈论了关于准备第一次穿越世界线的实验。
实验方式是让自己将彩票中奖号码发送给一周前的冈伦。
就在实验开始时，冈伦如计划收到了一封邮件，然而就在这时，冈伦回到了一行人准备讨论实验内容的那一刻。
随后琉华子来到实验室，说自己搞错了一周前冈伦给自己的彩票号码，大家都不知道是发生了什么事情。
阿万音建议冈伦去找下约翰堤托，随后会收到一封邮件，是来自真由理的，这里选择不回复。
约翰堤托回复冈伦说改了过去世界线就会发生移动，而且他并不知道还能保留记忆。
约翰堤托希望冈伦能成为救世主。
冈伦为了验证自己有穿越世界线且保留记忆的能力，决定再次实验。
不过这次发送邮件却没有改变世界线。
期间会收到来自真由理的信件，选择magazine杂志回复。
随后还会收到琉华子的关于雷NET的信件，这里选择RailNet回复。
出门后会收到三封助手(牧濑)的信息，这里的信息关系到后面的结局，记得存档。
这里以助手结局为基准回复，可在第九章重新读档快速达成真结局。
这里依次回复scientist科学狂人→bad scientist→do better即可。
第二天，冈伦碰到了阿万音，阿万音询问冈伦约翰堤托的回答，被冈伦质疑阿万音就是堤托。
一行人接下来继续下一个实验，这次实验的是桐生萌郁，她想告诉四天前的自己不要换手机。
随后她趁大家不注意修改了邮件内容，实验后，桐生萌郁消失，其他人也不知道有桐生萌郁这个人。
在实验期间会收到打工战士的信，选择peaceful和平回复。
到了第二天，琉华子来到实验室要求发送邮件改变自己的性别。
一行人答应了，并进行了实验，发现琉华子并没有变成女孩子。
冈伦和桶子来到咖啡店讨论实验结果，被菲利斯听到了时间机器的事情。
一行人讨论得知这个世界线的IBN5100并没有找到。
在上述事情期间会陆续收到打工战士、菲利斯及真由理的邮件。
这里分别选择不回复→He回复→Crunchy-kun回复。
在冈伦真由理回去路上见到了桐生萌郁，真由理不像其他人那样，她认识桐生萌郁。
随后一行人去拜访菲利斯家，菲利斯要求发送D-mail，所以又成为了新Labman的成员。
在菲利斯使用了D-mail后，菲利斯的父亲复活了。
在这些事件发生期间，可以陆续收到助手牧濑的邮件。
这里的回复顺序分别为outsider→disgrace→Why am i still here?。
冈伦与桶子讨论了关于世界线人际关系的问题，发现世界线并没有改变人际关系。
回到实验室，冈伦发现琉华子竟然是个女孩子。
被众人赶出去的冈伦见到了楼下的阿万音，两人一起骑车出去。
中间会遇到真由理发过来的信息，回复Kakeru-kun。
从阿万音口中得知阿万音想要找到她的父亲，于是冈伦打算进行下个实验帮助她。
同时阿万音说明天去一个地方试试看能不能找到父亲。
开始后会收到来自打工战士的信息，选择不回复。
另外还会受到助手的信息，选择回复travelling expenses路费。
再次遇见阿万音的冈伦被阿万音告知牧濑与SERN组织有关系。
冈伦在超市购买东西时，收到了警告信息。
因为担心真由理，赶回到实验室，发现真由理和牧濑正在洗澡。
在这期间会有邮件发来，菲利斯发的选择collapsing,琉华子发来的summer plans选择不回复。
再次遇见阿万音的冈伦询问了关于她父亲自称巴莱尔堤托的事。
冈伦让阿万音引开布朗的注意力方便实验。
经过该事件冈伦偶然发现了店里的电视机与时间机器有关系。
随即冈伦打算进行进一步实验，被助手否决。
牧濑完成时空跳跃机器，只能发送到前48小时内，冈伦思考了后决定先不做人体实验。
随后阿万音来到实验室，阿万音好像意识到悲剧上演，独自先逃走。
随后真由理发现自己的怀表已经停止，借着一群人持枪闯进实验室，打头的是桐生萌郁。
桐生萌郁一枪将真由理打死，阿万音此时重新回来将匪徒打倒，并与桐生萌郁对峙。
冈伦与牧濑三人意识到可以利用时空跳跃机器回到过去改变结局，然而死亡循环才刚开始。
通过时间机器跳跃过来的冈伦马上宣布实验团队解散。
经过不断寻找后，冈伦找到了真由理，在带她逃亡的情况下被车撞死。
冈伦决定再次穿越，在偷偷带走真由理等待列车到来时，真由理被布朗女儿不小心推下了站台导致死亡。
随后经过不断的跳跃，冈伦发现无论如何都无法避免真由理的死亡。
于是冈伦想到了办法，打算事先就告诉桐生萌郁关于时间机器的事情，随即被打晕，醒来后再次目睹真由理的死亡。
在不断循环拯救真由理的一次次失望后，牧濑主动找到了冈伦，随即冈伦说出了情况。
牧濑让冈伦回到时间机器制造完成那一刻，告诉过去的牧濑一同拯救真由理，为了让过去的牧濑相信，她告诉冈伦关于自己的小秘密。
穿越后，冈伦与牧濑讨论如何避悲剧的发生。
阿万音此时到来给他们解释了要避免结局必须要到达β世界。而β世界需要越过世界线变动率1%的壁障。
随即她拿出一个变动率计量器，并告诉他们这是未来的冈伦制作的。
阿万音带他们来到之前楼顶的时间机器处，告诉他们自己就是来自2036年的约翰堤托。
一番讨论后，阿万音决定自己回到1975年去改变这一切。
随后冈伦收到了布朗交来的信，得知阿万音的父亲是桶子，且穿越回过去的阿万音失忆了20余年，最后自杀了。
接下来就是阿万音铃羽结局分支的时候了，因为冈伦不想失去与铃羽的朋友关系，也不想失去真由理。
因此这里坚持不发送“取消跟踪铃羽”信息即可进入铃羽结局，冈伦将在11-13号之间无限穿越，保持最后这两天与大家的美好相处时光。
在这时间段冈伦想过做很多混乱事情，最后铃羽找冈伦询问，冈伦告诉了铃羽一切，包括铃羽回到过去会失忆的事情。
铃羽决定和冈伦回到1975年，两人互相有个照应，随后达成铃羽结局：不可逆转的重启。
如果在第六章末尾选择了发送D-mail改变过去，冈伦从布朗处得知阿万音因病去世。
同时交给了冈伦时间变动率计量器。
在这期间会收到助手发来的信息，分别选择I don't have a key和Frog青蛙回复。
就在冈伦认为真由理死亡的世界线可能被改变后，他还是察觉到不对。
随后武装分子还是过来击杀了真由理，冈伦再次穿越回两小时前。
穿越回来后，牧濑分析了造成世界线移动的D-mail有五条，取消一条就能延后事件发生一天。
冈伦抱着最后的希望去找菲利斯。
一番周折后，两人因为惹了不该惹的人被抓，冈伦被打，还好菲利斯的父亲救了他们一把。
最后得知阿万音找到了IBN5100交给了菲利斯的父亲，随后发现菲利斯的父亲将它换了赎金去救女儿。
菲利斯结局只需要坚持不发D-mail即可触发，因为冈伦考虑到不想失去菲利斯父亲，所以决定放下D-mail。
随后冈伦决定再次改变世界线。
再次穿越的冈伦发现来到了负数的世界线，这里除了菲利斯是冈伦的女朋友外，其他桶子，真由理都不认识冈伦。
冈伦决定就在这个世界线存活下去，这样避免了真由理的死亡，也算是一种不错的结局了。
在第七章选择发送D-mail，会继续进入接下章节。
完成了取消菲利斯的D-mail后，下一步是找到IBN5100并取消琉华子的D-mail。
来到神社后，委托琉华子父亲找下放在神社的电脑，后来没找到，发现琉华子在说谎，但是不知道原因。
冈伦猜测真由理的死亡应该会往后延一天，等待下原计划当天会死亡的真由理也没死。
最后确定真由理还是不可避免的会死亡，于是冈伦继续跳回到过去。
随后牧濑找到冈伦，两人就如何缓解之前冈伦对琉华子做的事简单聊了下。
再次做好准备的冈伦准备找琉华子说清楚。
一番折腾后，琉华子对冈伦说如果能在真由理死之前和她当几天的恋人即可取消D-mail。
冈伦答应后便开始了两天的约会。
到了约会最后的一晚，冈伦又再次面临选择，只需要坚持不发送D-mail即可达成。
达成后，冈伦告诉琉华子真相，无论如何真由理都会死，既然如此，不如两人就这样过下去吧。
放下了真由理的冈伦再次遇见真由理死时已经麻木了，他知道这是无法再挽回的事情了。
选择发送D-mail后，世界线变动，琉华子还是男儿身。
询问其父亲得知IBN5100电脑好像被偷了。
下一步冈伦需要取消的是桐生萌郁的D-mail，找到她家后，发现她已经自杀了。
一定要接触到桐生萌郁的冈伦再次使用了时间机器来到桐生萌郁未死之前的世界线。
一番折腾后冈伦拿到桐生萌郁的手机发送了D-mail，发现什么事都没变，这才意识到桐生萌郁改了信件内容。
从对话得知一个名叫FB的幕后黑手操纵了桐生萌郁做那些事，同时也得知了IBN5100的位置。
冈伦和桐生萌郁两人跟踪FB手下，发现FB最后将IBN5100交给了布朗大叔。
最后得知FB可能是布朗家的人，随即三人决定调查下关于女儿天王寺绚的事情。
随即布朗掏出了枪支，在得知阿万音是一直来到过去阻止SERN后自杀了。
之后天王寺绚直接将桐生萌郁刺杀，同时说桐生萌郁及冈伦看布朗大叔自杀都见死不救，也是她一生的敌人。
刺杀完桐生萌郁后，绚就跑走了。这会有一个选择，是否发送D-mail。
不发送的话在后面冈伦追上绚后被绚桶伤，同时得知绚在15年后加入SERN组织杀了冈伦。
且夺回时间机器用不断的短时间循环跳跃回到了15年前才亲手杀了萌郁，因为世界线的原因要之后再等15年再亲手杀死冈伦。
之后冈伦取得手机发送D-mail，IBN5100出现在实验室。
随后冈伦请求胖子入侵SERN数据库，删除掉第一条D-mail。
但是冈伦意识到这会回到牧濑死的那条世界线，再次陷入了艰难抉择。
进入第十章A的前提是完成前面二到四章的正确信息回复。
如果按照前面回复的话会直接进入第十章A剧情，也就是助手牧濑结局。
冈伦因发现要真由理不死的方式只能回到牧濑死的那条世界线，趟在阳台的冈伦面临艰难抉择。
此时牧濑找到了冈伦，随即冈伦向牧濑解释了当前的困境。
当冈伦想不到办法的时候，牧濑也跟冈伦说她要出发前往美国。
冈伦拥抱了牧濑，抱歉自己救不了她。
之后再次见到牧濑时，牧濑告诉冈伦去救真由理，回到β线。
这里会有段比较虐的感情戏，两人亲上了。
随后牧濑告别了冈伦前往车站出发去美国，两人恋恋不舍。
告别后，冈伦回到实验室，让桶子取消掉第一条D-mail，回到β世界线。
就在按下启动时间机器按钮时，冈伦看见了匆匆赶回实验室的牧濑，不过冈伦已经启动了机器，两人不会再相见了。
回到β线的冈伦，知道牧濑已经在前些天死去，其他人也失去了关于牧濑的记忆。
到这里为止，牧濑助手结局就结束了，冈伦心中依旧念念不忘牧濑，一切似乎都已经结束了。
这章是真由理结局，要达成该结局玩家只需要不按照助手结局的信息回复即可自动触发。
如果前面已达成助手结局，可以读档回到第四章开头。
只需要在助手发来的Did you write it?信息时选择不回复即可，后面的剧情一路跳过即可触发真由理结局。
陷入选择困难的冈伦在阳台苦恼，牧濑找到他后让他去救真由理，牺牲自己。
真由理结局与助手结局有许多相似的地方，当真由理知道救自己牧濑必须死时，去找了牧濑，牧濑安慰了真由理。
当冈伦准备跳跃世界线回到β线时牧濑也没有再出现。
回到β线后，真由理回忆起了一个帮助过自己的人，这个人就是助手。
两人一同惦记着助手，继续生活下去。
要进入最终章需要达成条件有：
1.达成所有结局一次，重新开新档。
2.如果是严格按照助手结局回复的话，可以在第九章回档，选择发送D-mail即可进入真结局。
冈伦到达β线，见到了铃羽，同时铃羽将未来的冈伦的作战计划告诉给了现在的冈伦。
这个作战计划是拯救牧濑，防止第三次世界大战的爆发。
冈伦选择与铃羽一同乘坐时间机器回去到牧濑死的那天。
回来到那天后，成功接上序章的剧情，此时同时存在两个冈伦。
冈伦与铃羽降落到楼顶，打开了阳台的门，冈伦下来后碰见了牧濑，这也就是为什么序章牧濑会问冈伦15分钟前见过。
随后冈伦准备蹲点看下是谁杀死了牧濑，最后发现是牧濑的父亲中钵博士。
中钵博士因为论文的事情与牧濑发生了肢体冲突，急忙救牧濑的冈伦不小心刺伤了牧濑，导致牧濑死亡。
绝望的冈伦发现是自己杀了牧濑后非常难受，被铃羽用时光机器带回世界线。
最后被真由理和未来的冈伦发的信息重新拾回希望，未来的冈伦告诉现在的冈伦如果要牧濑不死，可以利用欺骗世界线的方式
恍然大悟的冈伦知道怎么处理后，拿到了制作假血的道具，想用欺骗发现牧濑倒地的冈伦的方式欺骗世界线。
冈伦继续乘坐时间机器到达牧濑死之前的世界线，因为假血无法使用，这次他主动挑衅博士，让博士持刀捅他。
受重伤的冈伦吓走了博士，再将牧濑击晕，伪造成为事故现场，成功欺骗了世界线。
受重伤的冈伦被阿万音带回时间机器，回到世界线。
回去后，一切恢复正常，阿万音因为当时未出生所以不在。
经过一系列事件后，牧濑和真由理都存活了下来，一切都重新开始。
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